La saison deux de Falling Skies suit la progression du 2ème Régiment du Massachusetts qui se dirige vers Charleston, en Caroline du sud, pour rejoindre d’autres combattants et rescapés des nombreuses attaques des envahisseurs. Entre famille et résistance, le commandant Tom Mason (Noah Wyle) tente de serrer les rangs. Le danger est omniprésent et l’ennemi peut surgir à chaque coin de rue.