Peu après le dénouement de "Mononoke, le film : Un fantôme sous la pluie", l'apothicaire (Hiroshi Kamiya) réapparaît, cette fois-ci au cœur de la cour intérieure de l'Ooku, où l'équilibre vacille à la suite des événements récents. Botan Otomo (Haruka Tomatsu), issue d'une illustre famille, succède à Utayama et impose sa gouvernance, fondée sur la discipline et l'harmonie. Une autorité qui fait naître des tensions entre elle et Fuki (Yoko Hikasa), concubine chevronnée qui était autrefois la favorite de l'empereur (Miyu Irino). Alors que débute le processus de sélection pour désigner une tutrice chargée de veiller sur le nouveau-né de l’impératrice Yukiko (Atsumi Tanezaki), un événement inattendu bouleverse le destin de Fuki. Ayant mis au monde un "enfant non désiré" perçu comme une menace par le conseiller Otomo (Kenyu Horiuchi), Fuki devient la cible de complots orchestrés par les hommes au pouvoir. Entre intérêts divergents et manœuvres désespérées pour "étouffer" l'affaire, la situation dégénère rapidement. Parallèlement, une série d'incidents étranges survient : des personnes prennent feu spontanément et sont réduites en cendres. L'apothicaire soupçonne la présence d'un mononoke et entreprend de le contenir, mais celui-ci s'avère être une menace mystérieuse et changeante, qui semble agir en groupe. Derrière ce phénomène inquiétant se cachent les enfants du Rat de feu (hinezumi) qui, en plus d'attaquer les humains, sont à la recherche de leur mère, insaisissable. Mais pourquoi le Rat de feu s'en prend-il à ceux qui menacent les nouveau-nés ? Quelle tragédie nourrit son chagrin brûlant, au point de l'amener à s'embraser ? Pour percer le mystère, l'apothicaire devra plonger au cœur des ténèbres de l'Ooku, à la recherche des trois éléments essentiels qui lui permettront de terrasser le Mononoke : la Forme, la Vérité et la Raison.