Depuis son lit de mort en 1610, l'artiste Caravaggio, tombé dans la misère, revient sur sa relation triangulaire tumultueuse avec deux des modèles de ses peintures religieuses : le voyou Ranuccio et la maîtresse de Ranuccio, Lena. Dans des flashbacks, le film recrée les peintures originales du Caravaggio dans une série de tableaux vivants sublimes et stylisés, tandis que Jarman explore le sous-texte homoérotique de son œuvre, spéculant sur la relation de l'artiste avec son modèle préféré, Ranuccio.