1964, St. Nicholas dans le Bronx. Un prêtre charismatique, le Père Flynn (Hoffman) tente de chambouler les rigoureuses coutumes de l’école, qui ont longtemps été gardées par sœur Aloysius Beauvier (Streep), la Principale au gant de fer qui croit dans le pouvoir de la crainte et de la discipline...
L'histoire d'un jeune chercheur qui se voit confier un groupe de malades chroniques atteints de troubles psychiques profonds, derniers rescapés d'une épidemie d'encéphalite...
