Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d'April O'Neil, Vern Fenwick et d'un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones...
La ville a besoin de héros. New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens...
Impliquée dans l'attentat terroriste du Kremlin, l'agence Mission Impossible (IMF) est totalement discréditée. Tandis que le président lance l'opération "Protocole Fantôme", Ethan Hunt, privé de ressources et de renfort, doit trouver le moyen de blanchir l'agence et de déjouer toute nouvelle tentative d'attentat...
