Hayden Christensen débute sa carrière d'acteurs à treize ans dans des séries télévisées, mais il est attiré par le cinéma.
En 1999, il décroche un petit rôle dans "Virgin Suicides", le premier film de Sofia Coppola. Il tourne ensuite dans "La Maison Sur L'ocean" avec Kevin Costner et Christine Scott Thomas. Hayden est engagé pour jouer dans la série télévisée "LES COEURS REBELLES" avec Joe Landon dans laquelle il campe un adolescent mal dans sa peau qui est envoyé dans un camp pour enfants en difficultés.
En 2000, Hayden est choisi par George Lucas pour interpréter Anakin Skywalker dans Star Wars Episodes 2 et 3.