Alors qu'un virus d'intelligence artificielle a infiltré l'ensemble de la planète, Ethan Hunt va se voir une nouvelle fois confronté a des choix impossibles. Il a entre les doigts le destin de l'humanité qui est plus que jamais en grand danger.
Une fillette solitaire du nom de Lilo adopte un "chiot" extraterrestre du nom de Stitch. Ce dernier aide alors Lilo à réparer sa famille brisée, mais ce faisant, il sème une pagaille sans nom dans les îles hawaïennes...